Organi fakultete so:
- direktor/ica,
- dekan/ica,
- senat,
- upravni odbor,
- akademski zbor,
- študentski svet.
Direktor/ica
Je poslovodni organ, ki zastopa fakulteto v pravnem prometu in je odgovoren za zakonitost delovanja fakultete. Direktor Univerze v Novem mestu Fakultete za zdravstvene vede je prof. dr. Marjan Blažič.
Dekan/ica
Je strokovni vodja, ki predstavlja in zastopa fakulteto nasproti tretjim osebam, s pooblastili, določenimi z aktom o ustanovitvi in s statutom, ter je odgovoren za zakonitost dela fakultete. Dekanica Univerze v Novem mestu Fakultete za zdravstvene vede je izr. prof. dr. Nevenka Kregar Velikonja.
Senat
Je najvišji strokovni organ fakultete. Izvoli ga akademski zbor. Senat sestavlja dvanajst (12) članov, od tega devet (9) visokošolskih učiteljev, ki so praviloma v rednem delovnem razmerju na fakulteti in pokrivajo znanstvene discipline ter strokovna področja, v okviru katerih fakulteta izvaja svoje študijske programe, ter trije (3) predstavniki študentov.
Senat fakultete sestavljajo:
• visokošolski učitelji:
- prof. dr. Marjan Blažič,
- Andreja Draginc, viš. pred.,
- prof. dr. Karmen Erjavec,
- Petra Kotnik, pred.,
- izr. prof. dr. Nevenka Kregar Velikonja, dekanica,
- dr. Gorazd Laznik, viš. pred.,
- doc. dr. Ljiljana Leskovic,
- izr. prof. dr. Blaž Mlačak,
-prof. dr. Jasmina Starc,
• predstavniki študentov:
- Gregor Kavčič,
- Sara Kos in
- Matej Mažič.
Upravni odbor
Je organ upravljanja fakultete. Odloča o zadevah materialne narave in skrbi za nemoteno materialno poslovanje fakultete. Predsednica upravnega odbora je mag. Ana Blažič, viš. pred.
Akademski zbor
Sestavljajo ga visokošolski učitelji, znanstveni delavci in visokošolski sodelavci, ki sodelujejo v izobraževalni in znanstvenoraziskovalni dejavnosti fakultete, ter študenti, in sicer tako, da je njihovo število najmanj petina članov akademskega zbora. Pri njegovem delu sodelujejo tudi ostali delavci, ki imajo na fakulteti sklenjeno pogodbo o zaposlitvi. Akademski zbor vodi predsednica Kristina Rakuša Krašovec, viš. pred.
Študentski svet
Študentski svet je predstavniški organ študentov fakultete. V študijskem letu 2022/2023 ga vodi Gregor Kavčič.
