Fakulteta je članica Univerze v Novem mestu.
Organiziranost fakultete je natančno opredeljena s Statutom Univerze v Novem mestu Fakultete za zdravstvene vede.
Organizacijske enote fakultete so:
- katedre (katedra za zdravstveno nego in fizioterapijo, katedra za temeljne medicinske vede, katedra za humanistične in družboslovne vede),
- raziskovalna skupina,
- inštitut,
- knjižnica,
- tajništvo.
Katedra je oblika razvojnega povezovanja in usklajevanja visokošolskih učiteljev, znanstvenih delavcev in sodelavcev na zaokroženem delu/področju študijskega programa na vseh stopnjah izobraževanja, ki poteka na Fakulteti za zdravstvene vede Novo mesto. Glavna naloga katedre je skrb za nemoten potek in razvoj izobraževalnih ter znanstvenoraziskovalnih programov in znanstvenih disciplin z določenega zaokroženega študijskega področja.
Raziskovalna skupina se oblikuje na določenem raziskovalnem področju za izvajanje temeljnih, aplikativnih, razvojnih in drugih projektov ter za opravljanje strokovnih, svetovalnih in drugih storitev, ki se financirajo iz javnih sredstev ali iz sredstev naročnika raziskovalnih del. Raziskovalno, strokovno in svetovalno delo v raziskovalnih skupinah opravljajo visokošolski učitelji, znanstveni delavci in visokošolski sodelavci ter študenti, lahko pa tudi drugi strokovnjaki.
Inštitut povezuje visokošolske učitelje, znanstvene delavce in sodelavce v okviru raziskovalnega ali strokovnega dela na področju znanstvenih disciplin, ki jih razvija fakulteta. Glavne naloge inštituta fakultete so: izvajanje znanstvenoraziskovalnega dela v okviru nacionalnega raziskovalnega in razvojnega programa, izvajanje projektov in programov za naročnike zunaj nacionalnega razvojnega programa, izvajanje svetovalnega in drugega strokovnega dela, soorganiziranje konferenc, simpozijev, posvetov in seminarjev, obveščanje javnosti o rezultatih raziskav, skrb za implementacijo novih odkritij.
Knjižnica opravlja knjižničarsko, informacijsko in dokumentacijsko dejavnost za potrebe izobraževalnega in znanstvenoraziskovalnega ter razvojnega dela fakultete. Namenjena je visokošolskim učiteljem, znanstvenim delavcem in sodelavcem, študentom ter drugim uporabnikom.
Tajništvo izvaja upravno-administrativne, finančno-gospodarske in strokovno-tehnične naloge. V okviru tajništva delujejo dekanska pisarna, kadrovska služba, referat za študijske in študentske zadeve, računovodstvo ter tehnične službe. Tajništvo vodi glavni tajnik fakultete. Podrobnejša delitev dela, pristojnosti in odgovornosti delavcev tajništva bo določena v sistemizaciji delovnih mest visokošolskega zavoda.